用pytho写的分割pdb文件一个脚本
2018-07-20 来源:open-open
import glob
def file_list():
files=[]
for file in glob.glob("*.pdb"):
files.append(file)
files=sorted(files,key=lambda x: int(x[:-4]))
return files
def split_pdb(pdb_file,files_list,label1,label2):
f_pdb=open(pdb_file,"r")
lines=f_pdb.readlines()
i=0;
for line in lines:
if i==12:
break
f_store=open(files_list[i],"a+")
if label1 in line.strip():
i+=1
f_store.write(line)
print "I am here"
f_store.close()
continue
elif line.strip()==label2:
continue
else:
f_store.write(line)
if __name__=="__main__":
file_lists=file_list()
split_pdb("hex6-dna.pdb1",file_lists,"TER","ENDMDL")
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