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申请人在网上注册企业的程序，在企业注册网上都有明确的说明。在这里以有限公司设立登记为例简要介绍一下程序。
首先，进行企业名称预先核准的申请。将申请的名称及相关信息输入计算机，通过网络提交工商机关审查。工商机关在一个工作日内做出是否受理的决定。被受理的，申请人可从网上下载并打印《企业名称受理通知书》，然后持该通知书及《企业名称预先核准申请书》原件、《指定代表或者共同委托代理人的证明》原件，按照网上提示，到指定地点的工商登记机关领取《企业名称预先核准通知书》。企业名称预先核准手续即告完毕。不予受理的企业名称，工商机关在网上将理由告知申请人。申请人可以修改申请信息并再次提交申请，直至被受理。
第二步，申请人可以从网上下载或到工商登记机关领取有限公司设立登记申请书，按照网上的登记须知填写完整，并提交齐全相关附件。将上述材料扫描成为图片文件输入计算机，以备在网上传输。随后申请人可以进入企业网上注册系统，凭《企业名称预先核准通知书》上的校验码和经核准的企业名称，即可办理公司设立登记手续。按照系统提示，将公司有关信息输入计算机，该信息应与扫描材料中的内容一致，同时将扫描好的图片文件一并传送给工商登记机关。工商登记机关在5个工作日内做出是否受理的决定。经受理的企业注册申请，申请人可以从网上下载并打印《受理通知书》。按照网上提示，持该通知书及纸质的企业注册申请材料交到指定的工商登记机关，一般情况下即可在当天核准其登记。不予受理的企业注册申请，工商机关在网上将理由告知申请人，申请人可以在修改申请信息或纸质企业注册申请材料后重新提交，直至被受理。
